- Директор – Чистяков Евгений Владимирович
- Исполняющий обязанности заместителя директора по медицинской части – Сизова Юлия Владиславовна
- Заместитель директора по общим вопросам – Игнатьева Илона Юрьевна
- Исполняющий обязанности заместителя директора по социальным вопросам – Манаева Елена Владимировна
- Заместитель директора по технической части — Сейц Денис Глебович
- Главный бухгалтер – Глазова Ирина Дмитриевна
Структурные подразделения, осуществляющие управленческие и административные функции:
- Аппарат управления
- Отдел кадров
- Отдел бухгалтерского учета
- Отдел организационно-методического и правового сопровождения
- Отдел закупок
- Планово-экономический отдел
- Отдел документационного и информационного обеспечения
- Социальный отдел
- Отдел социально-педагогического обслуживания
Филиалов и иных обособленных структурных подразделений СПб ГАСУСО «ПНИ №9» не имеет.