В СПб ГБСУСО «ПНИ №9» существует отдельно стоящее заглубленное защитное сооружение гражданской обороны (убежище) для защиты персонала и проживающих в военное время и при чрезвычайных ситуациях мирного времени. В убежище функционируют следующие инженерные системы: система отопления, система вентиляции на 2 режима (чистой вентиляции и фильтровентиляции), система водоснабжения с организованным аварийным запасом питьевой воды, система водоотведения, система энергоснабжения, в том числе аварийный источник энергоснабжения, система автоматического пожаротушения, сети связи. В помещении убежища предусмотрен склад имущества ГО учреждения. В мирное время убежище используется как склад.